Uusi teknologia parantaa viljellyn kalan vastustuskykyä vesihometta vastaan

Vesihomeeksi kutsuttua oireyhtymää aiheuttava Saprolegnia on vesistöissä esiintyvä leväsieni, joka tarttuu sekä villeihin että kasvatettuihin kaloihin. Vesihome aiheuttaa suuria taloudellisia tappioita ja heikentää kalaterveyttä varsinkin makean veden kalankasvatuksessa. Modernit valintajalostusohjelmat perustuvat genomiseen valintaan. Siinä kalojen kyky periyttää tiettyjä ominaisuuksia määritellään käyttämällä yksilöissä luonnostaan esiintyvää DNA-vaihtelua. Määritys tehdään yhdistämällä tietoa tuhansista DNA-merkeistä ja kaloista mitatuista ominaisuuksista. ”Menetelmä on tarkempi kuin aiemmin käytössä ollut sukupuuhun perustuva valinta, ja se soveltuu erinomaisesti parantamaan kalojen vastustuskykyä vesihometta ja muita sairauksia vastaan”, Luken johtava tutkija Antti Kause sanoo.

Siika on Suomen toiseksi yleisin kalalaji kalankasvatuksessa. Laji on herkkä vesihomeelle, johon ei ole tarjolla tehokasta hoitokeinoa. Kalojen vastustuskyvyn parantaminen valintajalostuksella onkin houkutteleva vaihtoehto. Kalankasvatuksen valtalajeille lohelle ja kirjolohelle on jo käytössä DNA-merkkien analyysipalvelu mutta uusille kalankasvatuksen lajeille, kuten siialle, menetelmää ei ole aiemmin ollut tarjolla. Luke kehitti genotyypitysmenetelmän, jota voidaan soveltaa eri lajeihin ja joka mahdollistaa ensi kertaa genomisen valinnan käytön kasvatetulla siialla. Tutkijat sovelsivat laboratorio- ja bioinformatiikan menetelmiä määrittämään siialla luonnostaan esiintyvää DNA-vaihtelua, joka on yhteydessä taudin vastustuskykyyn. ”Löysimme yhteensä 65 000 DNA-merkkiä, joista useaa tuhatta käyttämällä analysoimme, kuinka hyvin taudin vastustuskykyä voidaan parantaa genomivalinnalla”, Kause kertoo. Noin 20–43 prosenttia vastustuskyvyssä esiintyvästä vaihtelusta määräytyi perintötekijöiden vaikutuksesta, ja siialta löydettiin yksi genomialue, jolla oli hyvin voimakas vaikutus vastustuskykyyn. Nykyisessä emokalastossa vesihomeen vastustuskyvyn perinnöllinen vaihtelu on melko suurta. Genomisella valinnalla voidaan hyödyntää tätä suurta perinnöllistä vaihtelua ja parantaa siian vastustuskykyä vesihomeelle sukupolvesta toiseen. ”Nämä samat löydetyt DNA-merkit sopivat myös muiden tuotanto-, laatu- ja kalaterveysominaisuuksien parantamiseen valinnalla”, Kause toteaa. Luke kehittää ja ylläpitää siian kansallista valintaohjelmaa elinkeinon toimintaedellytyksien parantamiseksi. Valintaohjelman tavoitteena on parantaa elinkeinon kannattavuutta, vähentää ympäristövaikutuksia ja parantaa kalaterveyttä.

Lähde: Luke